Esta mezquita fue fundada en Fez en el año 857 en un barrio ocupado por los refugiados kairuaníes, de donde viene su nombre de Qarauiyn.

En el 933 el modesto oratorio fue consagrado como mezquita de los viernes (la oración de los viernes es célebre allí). En 1135 es agrandada y embellecida por el soberano almorávide Alí Ben Yusef. Esta mezquita es una de las más grandes de Marruecos. Es también el centro más antiguo de enseñanza religiosa. La función universitaria de la Qarauiyn se remonta al siglo X. En esta época se abrieron los primeros “halaqat” (círculo de estudios).

Como la mayor parte de los edificios religiosos de Marruecos, la entrada a la mezquita y a la universidad está prohibida a los no musulmanes. Catorce puertas conducen al oratorio, compuesto por dieciséis naves y doscientas setenta columnas. Desde la puerta de entrada es posible percibir el gran patio interior y sus dos kioscos de columnas de mármol imitando a los del Patio de los Leones del palacio de la Alhambra en Granada. En el interior, entre otros tesoros, la lámpara almohade, de 1203, rivaliza en belleza con el mihrab realizado en Córdoba.

La biblioteca fue creada en el siglo X y reorganizada en el XIV por Abu Inan. Una gran sala recoge los manuscritos de la biblioteca del palacio del sultán. Con sus 30.000 volúmenes (de ellos 10.000 manuscritos) esta biblioteca es una de las más grandes del mundo árabe.